Десятилетиями рак считался исключительно человеческим заболеванием — неконтролируемое размножение клеток без участия других организмов. Однако растущее количество исследований указывает, что это не совсем так. Некоторые опухоли содержат сообщества бактерий, вирусов и грибов, живущих на поверхности, между клетками и даже внутри самих раковых клеток.
Проблема заключалась в том, что никто не был уверен, какие виды рака действительно имеют эту так называемую микробиому, а какие нет. Область исследований страдала от противоречивых заявлений, конкурирующих методов и даже отзыва научных работ после того, как результаты высокопрофильных исследований не удалось воспроизвести. Наша команда взялась за решение этого вопроса, используя крупнейшую в мире коллекцию генетических данных о раке — проект Genomics England's 100,000 Genomes Project, включающий ДНК более 16 000 опухолей.
Мы создали наиболее строгий конвейер анализа для такого рода работ, предназначенный для устранения всех возможных источников ошибок, а затем применили его ко всему набору данных. Наше исследование показало, что большинство видов рака, включая рак мозга, груди и почек, не имеют микробиомы, отличимой от фонового уровня. Это говорит о том, что более ранние исследования, обнаруживавшие микробные сигналы в этих опухолях, могли быть затронуты загрязнением: случайной ДНК с лабораторного оборудования или даже от ученых, обрабатывавших образцы.
Но некоторые виды рака оказались другими. Опухоли рта, пищевода, желудка и кишечника показали явные, последовательные признаки микробной жизни. И это были не только бактерии.
Мы обнаружили вирусы, грибы и археи (организмы, похожие на бактерии, но генетически отличные), живущие внутри этих опухолей. Работа с микробными сигналами и определение, какие из них являются реальными, а какие — лабораторным загрязнением, стала самой сложной частью проекта. Мы разработали методологию, позволяющую отличить истинные микробные сигналы от загрязнений, и теперь предоставляем данные и программное обеспечение другим исследователям для применения такого же строгого подхода.
Надеемся, что это положит конец годам противоречивых заявлений. Ученые смогут сосредоточить свои усилия там, где доказательства наиболее убедительны. Это означает отслеживание того, как эти микробные сообщества в раке рта, горла, желудка и кишечника могут влиять на развитие опухолей и их реакцию на лечение.
В конечном итоге это может помочь в более ранней диагностике и лечении этих видов рака.
